Una parte importante del quehacer científico del instituto se desarrolla a través de Grupos de Trabajo (GT), que combinan un conjunto multidisciplinario de profesionales y técnicos en ámbitos específicos de la investigación pesquera. Los GT de INPESCA son: GT de Evaluación de Stocks, GT de Pelágicos Pequeños, GT de Pelágicos Transzonales (jurel), GT de Demersales, GT de Oceanografìa Pesquera y GT de Modelación Biofísica.
Los integrantes de los diferentes grupos de trabajo son los siguientes:
GT DE EVALUACIÓN DE STOCK
- Aquiles Sepúlveda (líder de GT)
- Claudio Gatica
- Marcos Arteaga
- Nicolás Alegría
- Arnaldo Zúñiga
- Alexandre Gretchina
GT DE PELÁGICOS PEQUEÑOS
- Marcos Arteaga (líder de GT)
- Sergio Núñez
- Marcia Neira
- Claudio Gatica
- Lilian Cisterna
- Sebastián Vásquez
GT DE PELÁGICOS TRANSZONALES (JUREL)
- Aquiles Sepúlveda (líder de GT)
- Alexandre Gretchina
- Sergio Núñez
- Carlos González
- Roberto San Martín
- Marcia Neira
- Lilian Cisterna
- Claudia Bruno
GT DE DEMERSALES
- Claudio Gatica (líder de GT)
- Arnaldo Zúñiga
- Sergio Núñez
- Marcia Neira
- Claudia Bruno
- Rubén Mena
- Pedro Carrasco
GT DE OCEANOGRAFÍA PESQUERA
- Sergio Núñez (líder de GT)
- Sebastián Vásquez
- Cristián Salas
- Alexandre Gretchina
- Jocelyn Silva
- Rubén Luna
GT DE MODELACIÓN BIOFÍSICA
- Sebastián Vásquez (líder de GT)
- Cristián Salas
- Sergio Núñez
- Aquiles Sepúlveda